Последней стадией подготовки воды для питьевых и других нужд является ее обеззараживание, т. е. избавление от болезне­творных микроорганизмов, так как хорошо известно, что через воду могут распространяться такие страшные заболевания, как холера, брюшной тиф, инфекционный гепатит и др. Многие го­ды обеззараживание воды осуществляли с помощью обработки ее хлором. Однако стало известно, что полихлорированные бифенилы являются ядами, их находят в основном в жирах. Окис­ляясь, они образуют абсолютные яды — диоксины. Летальная доза диоксинов в организме для свиней, которые являются тест-объектами, — 10 мкг/кг их веса. Но эту дозу можно набрать и постепенно. Это привело ученых к выводу, что хлорирование может быть вредным. Во многих странах в 80-е годы перешли к обработке воды фторированием,  но оказалось,  что оно тоже вредно. Поэтому во всем мире и в России тоже отдают предпоч­тение обработке воды озонированием.

Биологическая очистка не может обеспечить обессоливания сточных вод. Как известно, вода питьевого качества должна содер­жать не более 1000 мг/л солей, из них: хлоридов — 350 мг/л, суль­фатов — 500 мг/л. Необходимую в технических целях пресную воду получают методами выделения солей из сточных и природных вод.